船运系统是城市间物资与人员流动的核心环节，它让玩家能够将应天府的资源输送至新解锁的区域。剧情推进，船运可以抵达苏州府、杭州府等目的地，这些城市通过码头与主城相连，开启跨城贸易与建设。运输初期，苏州府的需求尤为突出，需要从应天府运送菜肴、木材等基础资源以支持基建，而杭州码头则在完成苏州探险任务后解锁，扩展了运输网络。
安排船运时，掌握高效技巧至关重要。采用人货分离的方式，即运货时不加派居民，可以避免额外时间消耗，因为每增加一人会延长半小时。运输物资应遵循少量多运的原则，每次运送量以六到八小时为宜，防止资源在途中积压导致爆仓，同时预判目标城市的资源需求，提前运送所需物资，能确保建设进程流畅。少量多次的运输策略还能避免仓库爆满，让船只及时返回进行下次货运。
船运时间与运送资源量直接相关，每两份资源增加一分钟，大量运输可能耗时长达一天，因此合理规划运输时机是关键。玩家可酌情选择在夜间安排运输，这样醒来时即可收货，不干扰白日活动，通过观看广告可以加速船运进程，但需注意效率权衡。运输途中资源过多会导致船滞留码头，影响后续安排，所以根据实际需要控制货运量，并与日常作息结合，能最大化船运效益。
尤其是新城市如苏州府初始仓库有限，极易爆仓。建议提前升级仓库或分批运输，若资源过剩可丢弃部分以回收船只，避免船只卡住无法使用。船运也可用于居民调配，将具备特定技能的居民通过船只送至相应岗位，提升城市生产效率，但需确保目的地有足够工作岗位和物资供应，让居民到达后立即投入工作。船运不仅支撑着新城市的起步，还延伸到扬州府的漕运等特色玩法。漕运码头作为独立系统，提供玉石、油墨等奖励，但与传统船运不同，它专注于本地资源循环，需要通过修复码头并完成通航任务来获取资源。
