江南百景图中乘坐船只的核心流程，是先修复并激活城市码头，再通过大地图进入船运界面配置物资与居民，选择目的地后出发航行，最后抵达目标城市手动完成收货，同时还存在扬州漕运、宁波商船等特色乘船玩法，满足不同的资源获取与城市发展需求。码头是开启乘船功能的核心建筑，每座州府都有专属的码头区域，未修复的码头处于废弃状态，无法进行任何船运交互，必须先投入对应资源完成修复，才能解锁基础的航行权限。码头可以持续升级，等级提升后不仅会增加可用的船只数量，还会逐步开放特殊建筑运输等进阶功能，是跨城物资流转、居民迁移的唯一水上通道，也是推进新城市开荒、实现城市间资源互补的关键玩法。
开启乘船操作时，需点击游戏主界面左下角的州府印，在弹出的选项里选择大地图，进入后界面上会清晰显示带有空闲标识的船只图标，点击该图标即可进入航行配置页面。在配置界面中，首先要选择已解锁的其他州府作为目的地，不同城市之间的航行时长固定，不会受其他因素影响。随后可以自由选择要运送的基础资源、生产材料，也能安排特殊居民随船前往，单次航行可搭配对应品类的物资，确认好所有配置后点击出发，船只便会驶离码头进入航行状态，航行过程中船只图标会持续显示行程状态，无法被重复调用。
船只抵达目的地后，不会自动完成卸货，需要切换至目标城市界面，在码头附近的河道上找到带有完成标识的小船图标，点击后即可将船上物资收入仓库，特殊居民则会自行下船等待安置。收货时必须留意仓库容量，若目标仓库对应品类存储空间不足，只能收取部分物资，剩余物资会一直保留在船上，船只会持续滞留无法返航，只有清空船上所有物资后，船只才会返回出发码头恢复空闲状态。日常航行前提前清理仓库、预留充足存储空间，能大幅提升船运效率，避免出现船只长时间无法复用的情况。
高效运用船只需遵循人货分离与少量多次的原则，运输居民与运输资源最好分开进行，因为运送居民会额外增加固定的航行时间，而单独运输资源则按每两份资源一分钟计算，混合运输会明显降低整体效率。在物资运输量的规划上，建议采取少量多次的策略，单次运输量以预计在6至8小时内抵达为宜，这样既能避免因一次运送过多资源导致目的地仓库爆满，致使船只滞留无法返回，也能保证运输期间出发地有足够的资源可供日常运营使用。向新解锁的城市进行首次运输时，优先运送基础建设资源，快速搭建起目标城市的基础生产体系，为后续持续发展奠定基础。
除了常规的跨城运输乘船方式，扬州府漕运码头还有专属的航行玩法，修复漕运码头后，可通过漕运入口进入大运河界面，消耗司南获取通航步数，凭借步数可在漕运航图中选择目标码头航行，完成给予资源、完成工作、转运物资等对应事件，获取铜钱、连票、玉石、粟米等专属奖励。宁波府的市舶司则能解锁商船航行玩法，升级市舶司后可前往商船船坞打造专属商船，商船通过出海完成订单，可换回特色道具与资源，航行过程中还有概率触发奇遇事件，收获额外奖励。
