开启火影忍者终极觉醒模式，首先得了解查克拉槽的作用。当查克拉槽末端出现特殊标记时，说明角色可以觉醒。部分角色（如鸣人）能自动觉醒，而其他角色需要手动操作，比如按住方向键上键触发，像小李开八门就需要持续按住上键直到角色说话提示。天天这类角色则需要连续使用忍具才能自动觉醒。觉醒后角色会进入强化状态，但持续时间有限，结束后会恢复普通形态。
百豪樱的觉醒方式比较特殊，需要先用一技能或二技能接普攻击中敌人，再快速滑动释放樱花跃技能，全部命中后就能觉醒20秒。觉醒状态下她的伤害和回血能力大幅提升。其他角色如四代火影可以叠加觉醒，先进入火影状态后再进一步觉醒为更高级形态。注意觉醒期间无法使用奥义技能，但可以释放专属的强化忍术。
在剧情模式中解锁全人物是体验觉醒玩法的关键。部分隐藏角色需要完成支线任务才能使用，比如大蛇丸和四代火影。通关主线后可以在自由对战模式挑战究极难度，这时觉醒的时机把握尤为重要。建议先在练习模式熟悉角色的觉醒条件，比如佐助的咒印状态需要在奥义后触发，而鼬的写轮眼觉醒则依赖查克拉爆发。替身术（受击时按R键）能快速脱离控制并创造觉醒机会；查克拉爆发（按住Y键蓄力）可加速觉醒准备；连招中穿插觉醒能打出更高伤害。
