在完成二周目主线剧情后，返回一周目起点并从水静市出发，向上前往摩天楼与NPC对话。挑战全部地区并通过后，NPC会给予笛子道具，通过世界裂缝即可进入三周目。这一过程需要确保二周目所有关键任务已完成，包括击败四大天王和冠军，否则无法触发后续剧情。
进入三周目后，首要任务是前往火焰山击败火箭队成员并取得红宝石。将红宝石交给1号岛的博士后可获得船票，用于解锁七个岛屿的探索权限。四号岛是初始目标，需与NPC对话后进入冰洞，注意避开冰面陷阱，击败守关NPC后获得口令，随后可前往五号岛。五号岛的山洞迷宫是难点，需按照特定路线获取道具并触发剧情。
六号岛的任务围绕蓝宝石展开，需从研究所夺回被抢走的宝石并交还博士。这一阶段需注意研究所研究员的战斗强度，建议提前调整队伍配置。完成蓝宝石任务后，七号岛的挑战包括战斗塔的层数通关，最终可解锁超梦山洞的进入权限。华蓝市左侧山洞的超梦是三周目的关键捕捉目标，等级较高且技能强力，需做好充分准备。
三周目的核心在于岛屿探索与道具收集，部分隐藏剧情需通过特定NPC对话或地图互动触发。8号岛和9号岛需借助神秘船票进入，分别可遭遇凤凰与洛奇亚。整体流程注重解谜与战斗的结合，建议在推进主线时同步完成支线任务，以提升队伍实力并解锁更多隐藏内容。
