舰队编组是无尽的拉格朗日中最核心的策略环节之一，合理的舰船搭配能显著提升战斗效率与资源采集能力。编组需综合考虑舰船类型、指挥值分配、功能定位以及实战需求，不同阶段的编组策略也存在明显差异。前期应以资源采集和基础防卫为主，中后期则需针对PVE或PVP场景调整攻防比例。
指挥值限制是编组的基础框架，单支舰队最高可容纳400指挥值，需通过基地升级解锁。工程舰与战斗舰的指挥值系统独立计算，优先保证工程舰满编是资源采集的前提。小型工程舰初期性价比高，但中型工程舰点满采集技能后应逐步替换。战斗编组需遵循前排抗伤、中排输出、后排支援的基本原则，巡洋舰和驱逐舰构成中期主力，战巡与航母则建议通过增援功能加入战场以避免占用过多指挥值。
舰船攻击序列遵循武器优先级与站位规则，武器会优先攻击其序列中的目标类型，同类型则按前中后排顺序攻击。编组时需注意混编同站位装甲舰分摊伤害，例如前排可搭配斗牛突击型与重炮阋神星形成互补。防空能力通常由光锥级或载机舰提供，针对舰载机为主的敌人需调整中后排配置。攻城编组需单独组建高速舰队，以诺玛M470搭配云海级为核心，辅以高机动护卫舰。
资源采集编组需优化仓储与效率平衡，小型工程舰建议与AC721载货型混编提升单次采集量，中型工程舰则优先点满仓库扩容技能。野怪刷新区可部署封锁舰队自动获取经验，但需注意私掠者据点的反击强度。编组方案保存功能能快速切换不同用途的舰队配置，日常采矿、刷野、攻城等场景应预设独立方案以减少操作耗时。
后期编组需针对敌方配置动态调整，通过战斗报告分析火力缺口或防御短板。高速舰队通常以艾奥级巡洋舰为核心，搭配斗牛级护航艇实现快速穿插。航母编队需平衡舰载机数量与护航舰比例，确保输出效率的同时避免被针对性克制。无论何种编组，定期维修与技术值强化都是维持战力的必要条件，残血舰船应及时撤回避免报废。
舰队移动速度取决于最慢舰船，跨计划圈行动需利用曲率航行机制。侦查舰先行建立坐标再增援主力舰队能显著节约时间，但需注意增援后航行方式变化。编组并非固定模板，需根据实际获取的蓝图与技术值分配灵活调整，持续优化舰船技能与武器模块才能发挥最大战力。
