祖先记忆是游戏核心机制之一，玩家通过收集这些记忆碎片解锁先祖角色，从而获得动作、装扮及推进剧情。记忆碎片通常以光点形式散落在地图各处，玩家需引导光点返回先祖所在位置，完成记忆追溯任务。这一过程不仅能够激活先祖的兑换功能，还能逐步揭示游戏世界的背景故事，加深玩家对天空王国历史的理解。
祖先记忆的主要用途之一是解锁先祖的兑换树。每位先祖对应独特的动作、发型、斗篷等装扮物品，玩家需消耗蜡烛、爱心等资源兑换。部分先祖还提供特殊技能或互动方式，例如乐器演奏或双人动作，这些内容极大丰富了游戏的社交体验。收集记忆是地图毕业的必要条件，只有完全激活某张地图的所有先祖，才能从毕业先祖处领取最终奖励，如晨岛的大胡子发型或霞谷的卡卡西发型。
部分祖先记忆的收集需要其他玩家协助。例如禁阁的双人门先祖或需要多人合力点燃的机关，这类设计强化了游戏的社交属性。复刻先祖的限时回归机制则让错过季节活动的玩家有机会补全记忆，但需注意复刻先祖的兑换物品通常需要更多资源。
