丛林神庙位于地下丛林的深处，通常出现在地图的左下或右下边缘地带，占地面积约为丛林的四分之一。其外部由特殊的丛林蜥蜴砖块构成，普通镐子无法挖掘，需要镐力达到200以上的工具才能破坏，因此玩家需寻找入口而非强行突破。入口一般位于神庙上方区域，外围常有装甲兵巡逻，内部则布满机关和陷阱。
寻找神庙的前提是击败机械三王并激活世纪之花事件。击败世纪之花后，玩家会100%获得神庙钥匙，这是进入神庙的唯一途径。世纪之花通过破坏丛林中的粉红大花花苞召唤，击败后务必拾取掉落的神庙钥匙并存入背包。若未击败世纪之花，即使找到神庙也无法进入，因为丛林蜥蜴砖块在击败石巨人前无法被常规手段破坏。
探索神庙时需注意内部结构复杂，机关密集。建议携带电工妹出售的拆线仪器或探矿药剂，前者可检测并拆除导线陷阱，后者能高亮显示隐藏的宝箱和机关。危险感知药水同样实用，能区分神庙怪物与普通丛林生物，辅助定位神庙位置。若大门因装饰品阻挡无法开启，可用镐子破坏大门或制作新门替代。进入神庙后，玩家可获取丛林蜥蜴熔炉、日耀碑牌碎片等特殊物品，并挑战石巨人BOSS。神庙钥匙仅首次开门时消耗，之后大门将永久解锁。
