要前往五岛你需要一张特殊的船票。获得船票的起点在枯叶市那个曾经停泊着圣安奴号的码头。当你到达码头时，会发现船只已经恢复通航，与船员对话就可以乘船前往第一个岛屿。抵达一岛后，首要任务是去岛屿北部的宝可梦中心，在里面你会遇到研究员正辉，他正在为修复某个机器而烦恼。他会告诉你，机器的运转需要一块红宝石，并请求你帮忙寻找。接受这个任务，就是开启七岛连环剧情的正式钥匙。离开宝可梦中心，你需要前往一岛右上角的灯火山。
从山脚下往右走，你会看到一条通往山顶的路，但在一个岔路口，不要往左上山去找火焰鸟，而是继续向右前进。在道路的尽头，会发现两名火箭队的残党把守着一个山洞入口，击败他们后进入洞内。这个洞穴结构不算复杂，一路向最深处探索，最终就能在尽头找到那块发着红光的宝石。拿到红宝石后，务必第一时间返回一岛的宝可梦中心，将它交给研究员正辉。
可以自由往返于所有岛屿之间。他还会告诉你，要完全恢复机器的全部功能，还需要另一块对应的蓝宝石。寻找蓝宝石的任务自动开启，这引导玩家前往后续的岛屿。通常接下来会建议你先去四岛，因为在那里你可以遇到冰天王科拿，并从一个需要攀瀑才能到达的洞穴里取得秘传学习器07攀瀑，这个技能对于探索许多水域地形必不可少。
你需要乘船前往六岛在岛屿的右下角方向使用居合斩砍开挡路的树木，可以进入一个有着特殊机关（需要按顺序掉入洞穴）的洞窟，蓝宝石就在洞窟深处。但剧情设计是，你刚拿到蓝宝石，就会被尾随的火箭队研究员抢走，不过他慌乱中留下了一张写有密码的纸条。根据密码提示，你需要追到五岛，在岛屿右侧的火箭队仓库里，击败里面的火箭队成员，最终夺回蓝宝石。
